Bắt đầu từ năm 2016, virus ALZ-113 đã làm sụp đổ nền văn minh của loài người, dẫn đến lệnh thiết quân luật, tình trạng bất ổn dân sự và sự sụp đổ kinh tế của mọi quốc gia. Mười năm sau, Caesar lãnh đạo và quản lý thế hệ khỉ mới của cộng đồng khỉ sâu trong Rừng Muir. Khi đang dạo chơi trong rừng, con trai của Caesar là Blue Eyes và con trai của Rocket là Ash gặp phải một người. Người này, tên là Carver, sợ hãi và rút súng bắn Ash, khiến Ash bị thương. Carver gọi nhóm nhỏ đi cùng anh ta, dẫn đầu bởi Malcolm (Jason Clarke) trong khi Blue Eyes gọi những con khỉ khác. Caesar yêu cầu con người đi đi. Những người còn sống sót ở San Francisco, có cơ chế miễn dịch với virus, đang sống trong một tòa tháp được bảo vệ trong lòng thành phố đã bị phá hủy. Bị thúc giục bởi Koba, một con tinh tinh lùn thù hận con người vì sự ngược đãi của họ, Caesar mang một đội quân khỉ nhỏ tới thành phố để nói rằng loài khỉ không muốn chiến tranh nhưng sẽ chiến đấu nếu buộc phải làm vậy. Caesar yêu cầu loài người ở trong lãnh địa của họ và loài khỉ cũng vậy.

Malcolm thuyết phục người lãnh đạo đồng thời là bạn lâu năm Dreyfus (Gary Oldman) cho anh ta 3 ngày hòa giải với loài khỉ để đến được đập thủy điện, nơi mà có thể cung cấp điện lâu dài cho cả thành phố. Dreyfus vốn hay nghi ngờ loài khỉ nên đã cho những người còn lại đi lấy 1 kho vũ khí bị bỏ hoang. Malcolm đi đến Làng Khỉ nhưng bị Stoned và những con khỉ đột khác bắt. Sau đó Malcolm được Stoned và Maurice đưa đến gặp Caesar. Malcolm cố gắng đứng lên nói chuyện với Caesar nhưng bị Stoned và Maurice bắt phải quỳ xuống. Sau khi bị bắt quỳ vài lần, Caesar cho phép Malcolm làm việc trên con đập nhưng phải giao nộp hết súng. Malcolm, vợ Ellie và con trai Alexander làm việc với sự hợp tác của loài khỉ. Nghi ngờ của 2 bên dần lắng xuống nhưng niềm tin lẫn nhau bỗng dập tắt khi Carver chĩa súng vào con trai mới sinh của Caesar. Hai bên hòa giải khi Ellie chữa bệnh của Cornelia, vợ Caesar, bằng thuốc kháng sinh. Trong khi đó, Koba phát hiện ra một kho vũ khí của loài người và sau đó về nói chuyện với Caesar, đe dọa Caesar "Caesar yêu người hơn cả khỉ, hơn cả con trai mình". Caesar tức giận đánh đập Koba, nhưng không giết hắn và tha thứ cho hắn. Koba quay lại kho vũ khí của loài người, giết 2 tên lính, trộm vũ khí của chúng, sau đó giết Carver và lấy bật lửa của anh ta.

Con đập cuối cùng đã được sửa, khôi phục lại lưới điện cho thành phố. Trong khi cả làng đang ăn mừng, Koba đã lén đốt nhà. Sau đó hắn trèo lên cây, Caesar và Koba nhìn nhau 1 lúc rồi hắn ta bắn vào ngực Caesar, khiến cho Caesar ngã xuống và "chết". Trong khi cả làng đang hoảng loạn vì bị mất đi đầu đàn và đám cháy, Koba nắm lấy quyền lực, nói rằng con người đã giết Caesar và phát lệnh chiến tranh chống lại con người. Nhóm Malcolm lẩn trốn trong khi Koba dẫn đoàn quân khỉ tiến về San Francisco. Chúng cướp kho vũ khí và xông vào tòa tháp. Mặc dù bị thương vong lớn, đoàn khỉ tàn phá mọi thứ và bắt giữ mọi con người chúng tìm thấy trong khi Dreyfus phải chạy xuống đường tàu điện ngầm. Khi Ash không chịu giết một ông già theo lệnh Koba, nhắc lại những lời mà Caesar đã dạy, Koba lôi Ash lên tầng rồi thả Ash xuống ban công, sau đó bắt giữ bất kì ai còn trung thành với Caesar.

Nhóm của Malcolm tìm thấy Caesar đang thoi thóp và đưa đến nhà cũ của Caesar tại San Francisco. Caesar tiết lộ với Malcolm rằng Koba đã bắn, và nhận ra rằng quan điểm tất cả khỉ đều tốt hơn con người là sai lầm. Khi Malcolm vào thành phố tìm dụng cụ để Ellie phẫu thuật cho Caesar, anh tìm thấy Blue Eyes và đưa đến gặp Caesar. Caesar tìm thấy đoạn băng ngày xưa và Malcolm biết được về quá khứ của Caesar. Blue Eyes trở về và thả những người đã bị bắt cùng với những con khỉ trung thành với Caesar. Sau đó, nhóm khỉ đã tham gia cùng với Caesar để đối đầu với Koba tại đỉnh tòa tháp. Sau khi dẫn nhóm khỉ đến tòa tháp mà không bị nhìn thấy, Malcolm gặp Dreyfus. Dreyfus đã cho biết ông và đồng đội đã liên lạc được với những người ở doanh trại phía bắc, họ đang trên đường đến. Trong khi Caesar và Koba đang chiến đấu, Malcolm cố gắng không để Dreyfus cho nổ tòa tháp nhưng thất bại. Vụ nổ đã giết Dreyfus và để sập một phần tòa tháp. Koba đang bám trên một thanh thép và không thể trèo lên do vết thương ở hông, Caesar nắm lấy tay hắn. Koba nhắc lại lời Caesar rằng khỉ không giết khỉ. Nhưng Caesar nhìn những việc Koba đã làm và nói với hắn "Ngươi không phải khỉ" rồi thả tay ra khiến Koba rơi xuống và chết.

Malcolm cho Caesar biết rằng quân đội đang tới. Cả hai đều nói họ đã mất cơ hội duy nhất cho hòa bình. Caesar nói với Malcolm rằng loài người sẽ không bỏ qua cho loài khỉ vì cuộc chiến mà loài khỉ đã khơi mào và yêu cầu gia đình Malcolm hãy rời đi để an toàn. Khi Malcolm đã biến mất, Caesar đứng trước bầy khỉ đang quỳ xuống cùng với gia đình mình.